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Se définissant comme fédéraliste européen à forte sensibilité régionaliste, Onesta est élu, lors des élections européennes de 1999, au Parlement européen, où il siège au sein du groupe des Verts/Alliance libre européenne. La même année il est également élu Vice-président du Parlement européen. Il occupe ensuite ce poste pendant dix ans, le temps de quatre mandats.

Membre de la Commission des affaires constitutionnelles du Parlement, il a été très impliqué dans le débat constitutionnel, et a milité pour le « Oui » au référendum sur le projet de traité constitutionnel européen. Il a, à la suite de la victoire du « Non », continué à participer au débat public, et a notamment diffusé une publication intitulée Plan A+, pour une relance du processus constitutionnel européen.

Au Parlement européen, il a souvent porté des rapports visant à rendre plus transparent et plus participatif le fonctionnement de l’institution, par exemple sur les règles de conduite des députés européens, ou sur les procédures liées à la réception des pétitions par le Parlement. Il a aussi, en tant que Vice-président, contribué à donner un cadre légal au travail des assistants parlementaires, et a fait adopter à l’institution une nouvelle marche à suivre pour améliorer l’impact environnemental de toutes ses activités, grâce à la Norme EMAS.

Parmi les prochains grands dossiers qui seront présentés au Parlement européen et initiés par lui, on peut citer le prix du Parlement européen pour le cinéma, qui récompensera le film le plus européen de l’année d’une traduction dans toutes les langues de l’Union, ou les Agoras citoyennes, nouveau mécanisme de concertation avec les citoyens au travers de la société civile.

Travailleur reconnu et respectueux de son mandat, en 2009, le classement des eurodéputés français place Gérard Onesta en première position pour son travail et son taux de présence. Entre juillet 2007 et juin 2008, il est ainsi présent à 100% des séances. Avec la socialiste Martine Roure et le conservateur Alejo Vidal-Quadras, il fait partie des trois députés à voter en faveur d’une publication immédiate des registres de présence en commission.

Pour les élections européennes de 2009, il « laisse » sa place de leader écologiste dans la circonscription Sud-Ouest à José Bové qui avait soutenu sa candidature aux élections précédentes.

Lors des élections régionales des 14 et 21 mars 2010, tête de liste d’Europe Écologie en Midi-Pyrénées, il est élu conseiller régional

En 1988 il co-fonde la Fédération des jeunes écologistes européens. Il est membre du Conseil national des Verts à partir de 1987 et jusqu’en 1999, ainsi que responsable des questions institutionnelles des débats sur les questions institutionnelles (démocratie, modes de scrutin, règlements, rapports au pouvoir…) de 1989 à 1999. Il occupe également le poste de porte-parole du parti pour la région Midi-Pyrénées de 1991 à 1992, puis celui de porte-parole national entre 1994 et 1995.

Il a aussi essayé de valoriser les enjeux européens et verts au niveau international, notamment en rédigeant un rapport sur les peuples indigènes, en créant un planisphère alternatif représentant les peuples du monde, ou encore en participant au Sommet de Rio de 1992.

G.C