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Fidèle aux traditions radicales de sa famille, Jean-Michel Baylet se lance en politique en 1973 en fondant avecRobert Fabre le Mouvement des radicaux de gauche (MRG) En 1977, il devient le secrétaire national du mouvement, chargé des fédérations. Il le préside de 1983 à 1985.

Jean-Michel Baylet est élu maire de Valence-d’Agen 

en 1977 à la suite de son père et de sa mère. Il est élu député de Tarn-et-Garonne en 1978 et entre au conseil général de Tarn-et-Garonne en 1985 en remplaçant sa mère comme représentant du canton de Valence et comme président de l’assemblée départementale.

Fort des liens d’amitiés entre François Mitterrand et Evelyne Baylet, soutien du candidat socialiste à travers son journal depuis 1965, Jean-Michel Baylet est appelé au sein du gouvernement Laurent Fabius en juillet 1984, comme secrétaire d’État auprès du ministre des Relations extérieures en 1984. La forte présence d’Evelyne Baylet dans sa carrière lui vaut à ses débuts les surnoms de « veau sous la mère » et « fistonné ».

À sa sortie du gouvernement, il devient sénateur de Tarn-et-Garonne (1986) jusqu’à sa réélection comme député aux législatives de 1988. Il ne siège pas, étant nommé dans le deuxième gouvernement Rocard de juin 1988, en tant que secrétaire d’État chargé des collectivités locales en 1988, plus en adéquation avec son profil d’élu de terrain15. Il est d’ailleurs à l’origine de la loi Joxe-Baylet sur l’administration territoriale adoptée le 6 février 1992créant les communautés de communes16. Dans ce même gouvernement, il succède à Olivier Stirn, contraint à la démission, comme ministre délégué au Tourisme le 17 juillet 1990.

Par tradition familiale et politique, Jean-Michel Baylet entre dans la franc-maçonnerie en 1991, au sein de la loge Demain du Grand Orient de France fondée par Roger Leray et réunissant des personnalités du monde économique et politique.

L’alternance de ses candidatures à l’Assemblée et au Sénat semble l’avoir affaibli auprès de son électorat quand il échoue aux législatives de 1993, à retrouver son siège de député, face à Jacques Briat. Il retrouve le Sénat en 1995, laissant son ancien suppléant, Jean-Paul Nunzi, reprendre la circonscription lors des législatives de 1997.

En avril 2013 il est, en sa qualité de président du Conseil général, renvoyé devant le tribunal correctionnel par le juge Jean-Michel Gentil pour « non-respect des dispositions du code des marchés publics » lors de la réalisation d’un magazine interne19. Il est relaxé en janvier 2014, les faits étant prescrits